Après de longues et fastidieuses recherche, j’ai finalement trouvé l’outil ultime de conversion video : ffmpeg

Le binaire pour windows est disponible sur sourceforge ici pour les feignants.

Sinon, le code source est accessible via un dépôt

svn : /// svn checkout svn://svn.ffmpeg.org/ffmpeg/trunk ffmpeg

Ensuite il faut taper la bonne ligne de commande, dans mon cas, ça ressemble à ça :

ffmpeg -i movie.avi -ar 11025 -b 600k -f flv -s 240x320 movie.flv

It works !